De coördinaten die Hoshi van Tarquin heeft gekregen leidt ze naar een planeet waar zich een mijn bevindt. Hier wordt de stof Kimosite gedolven dat door de Xindi gebruikt wordt en Kimosite bevindt zich ook in de brokstukken van het wapen. Archer en zijn team kidnappen het hoofd van de mijn, Gralik. De man is ook een Xindi maar weet niks van een wapen of mensen. Als Archer het hele verhaal vertelt schrikt Gralik en uit schaamte belooft hij Archer te helpen. Binnenkort zullen er Xindi op de planeet landen die een voorraad van zeer zuiver Kimosite willen.

Hoshi heeft de laatste tijd het gevoel of ze bekeken wordt. Op een gegeven moment hoort ze ook stemmen en ziet ze schaduwen. In eerste instantie gelooft kapitein Archer haar niet. Maar als Hoshi een soort van uittreding heeft en de “gast” zich bekend maakt, is het andere koek. Het gaat om Tarquin, een telepaat die alleen op een planeet woont. Heel soms kan hij contact krijgen met anderen, zoals met Hoshi. Hij komt achter de missie die de Enterprise heeft en hij biedt aan te helpen als ze naar zijn planeet komen.

De Enterprise vindt bij een grote meteorietenveld vol met Trellium-D een zwaar beschadigd Vulcan-schip. Terwijl Trip en Mayweather Trellium-D verzamelen om het schip mee te beschermen tegen de ruimte-vervormingen, gaan kapitein Archer, Malcolm, T’pol en Korporaal Hawkins het Vulcan-schip onderzoeken. Er zijn nog wel levensvormen gemeten maar het schip reageert niet op de oproepen. Al snel komen ze erachter waarom dat is.

De Enterprise bezoekt een waterplaneet, waar ze op een exotische markt een ontmoeting hebben met een chemist die hen de formule van Trellium-D wil verkopen. Ze hebben dat spul nodig omdat isolering met Trellim-D de ruimtevervormingen tegen gaat. Kapitein Archer en zijn bemanning krijgen de formule in ruil voor een aantal specerijen. Tussen neus en lippen door laat de chemist ontvallen dat er ook een aantal Xindi-reptielen de planeet hebben bezocht en dat de slavenhandelaar daar meer van weet. De aandacht van Archer is gewekt en hij brengt een bezoekje aan deze handelaar.

Kapitein Archer heeft de data van het gedownloade Xindi-scheepswrak kunnen ontcijferen en laat een koers berekenen naar de laatste planeet die het wrak had bezocht, hopend op een spoortje informatie naar de Xindi. Helaas blijkt de planeet onbewoond, maar men vindt er wel een gecrashde Xindi-shuttle. Kapitein Archer besluit samen met Malcolm, Hoshi en T’pol het wrak te onderzoeken. Maar ze hebben amper een stap op de planeet gezet of ze muteren in vreemde wezens die iets lijken te zoeken. Alleen T’Pol lijkt amper besmet.

De zoektocht naar de Xindi brengt de Enterprise in een gebied vol met ruimtevervormingen. Deze verstoren het hele systeem dat ontregelt raakt en de Enterprise komt stil te liggen. Verderop ligt het wrak van een ander ruimteschip, nader onderzoek wijst uit dat het schip geplunderd is en de totale bemanning is om te leven gekomen door lasers en een haperend levenssysteem. Archer wil zo snel mogelijk vertrekken want de kapers kunnen nog steeds op de loer liggen.

Na de aanval van de Xindi op de Aarde, is de Enterprise op een missie om de Xindi te zoeken in het Delphische Expansie, een zeer gevaarlijk deel van het heelal. Daarom is de crew van de Enterprise aangevuld met een aantal militairen. Ondertussen zoekt de Enterprise nu al 6 weken en eindelijk hebben ze beet. Een vrachtkapitein heeft Archer getipt over een mijnkolonie, waar een van de werkers Xindi moet zijn. Kapitein Archer en Trip brengen een bezoekje aan de mijnen om met de Xindi te praten.

Vanuit het niets komt er met hoge snelheid een geheimzinnige bol op de aarde afgestevend. Vlak boven de aarde komt hij tot stilstand. Uit de bol komt een verzengende straal die een diepe voorn brandt van Florida tot diep in Zuid-Amerika met een diameter van een paar kilometer. Het resultaat: een paar miljoen doden en grote schade. Wie is deze onbekende vijand? De Enterprise wordt terug naar de Aarde gestuurd. Maar onderweg ontmoet Archer de Suliban. De geheimzinnige tijdsreiziger die contact heeft met Sulik, vertelt Archer dat de Aarde te maken heeft met een volk, de Xindi genoemd.

Een klein ruimteschip komt de Enterprise tegemoet. De ingezetene, Skalaar genoemd, lijkt in eerste instantie vriendelijk. Maar zodra hij voet zet op de Enterprise ontvoert hij Archer. Skalaar blijkt een bountyhunter te zijn. De Klingons hebben namelijk een prijs op het hoofd van Archer gezet omdat hij als eerst van de strafplaneet Rure Penthe is ontsnapt. Maar Skalaar is niet de enige die interesse in Archer heeft want er zijn meerdere kapers op de kust die allemaal wel een centje kunnen gebruiken.

Kapitein Archer krijgt droevig bericht van de Aarde. Een van zijn beste vrienden, Kapitein A.G. Robinson is overleden. T’Pol heeft nog nooit van deze man gehoord. Archer vertelt haar het verhaal van de rivaliteit tussen hem en Robinson. Een van de twee zal uiteindelijk de kapitein van de Enterprise worden. Hoewel de uitkomst nu bekend is, krijgen we meer informatie over de start van het Warp-5 project.