Jason valt bewusteloos neer in de Talon. Hij wordt in allerijl naar het ziekenhuis gebracht, waar Lana verneemt dat hij als het ware in een paniekcoma is beland waar hij niet lijkt uit te raken. Lana vreest het ergste en snelt naar Clark om een verklaring te zoeken. Maar Jason blijkt niet het enige slachtoffer te zijn van deze mysterieuze ziekte… Even later worden ook Chloe en Lana getroffen. Clark zoekt onverminderd verder naar de oorzaak. Het enige spoor leidt naar Luthor Corp.

Lex werkt zichzelf in een lastig parket wanneer hij na een passionele nacht met een brunette ontwaakt naast haar vermoorde lichaam. Hij houdt zijn onschuld vol, maar zelfs zijn advocaten twijfelen aan zijn oprechtheid. Hij vermoedt dat zijn vader Lionel hem erin probeert te luizen, maar Clark weet wel beter na een gesprek met de man. Bijgevolg gaat Clark samen met Chloe op zoek naar aanwijzingen die de aantijgingen aan Lex’ adres kunnen weerleggen. Ondertussen raakt Lana helemaal van streek na een mysterieuze ontmoeting met de moeder van Jason.

Lois en Lana plannen een verrassingsfeestje voor Chloes verjaardag. Zonder Clarks goedkeuring palmen ze de Kent-schuur in als party-locatie. Clark maakt zich zorgen. Zijn ouders mogen dan wel het weekend doorbrengen in Metropolis, toch moet hij het feestje in handen houden omdat iemand van Princeton hem komt interviewen in verband met een beurs. Ondertussen heeft Lana een oud manuscript gekocht. Ze heeft er handenvol geld aan besteed, gewoon omdat ze zich er op onverklaarbare wijze tot aangetrokken voelde. Wanneer ze het opent, worden haar lichaam en geest overgenomen door Gravin Isabella…

De Crows spelen hun belangrijkste match van het seizoen en alle aandacht is gevestigd op Clark Kent als nieuwe quarterback. Maar Clark maakt enkele blunders… Niettemin sleept het team dankzij hem uiteindelijk de overwinning in de wacht. Jammer genoeg brengt hij een speler van de tegenpartij enkele ernstige verwondingen toe. Clark begrijpt niet hoe dat is kunnen gebeuren en krijgt achteraf van coach Jason te horen dat sommige mensen zelfs denken dat hij door dopinggebruik extra krachten heeft ontwikkeld. Wat niemand echter weet, is dat nieuwkomer Mikael hiervoor verantwoordelijk is.

Wanneer Clark en Lionel op hetzelfde moment in aanraking komen met een mysterieuze steen, verwisselen ze van lichaam. Plots denkt en handelt Clark als Lionel, maar tevens beschikt hij nog steeds over zijn bovennatuurlijke krachten. Clark zit op zijn beurt vast in het lichaam van Lionel, achter de muren van de zwaar bewaakte gevangenis. Terwijl Clark af te rekenen krijgt met moordzuchtige celgenoten, probeert Lionel te infiltreren in de wereld van Clark. Hij zaait onrust en verwarring. Zijn moeder Martha is de enige die merkt dat er iets niet pluis is…

Wanneer Clark en zijn vader het ziekenhuis in Metropolis verlaten, komen ze oog in oog te staan met Bart Allan, een jongen die zich - net als Clark – supersonisch snel kan voortbewegen. De jongen overleeft als zakkenroller, maar Clark probeert hem duidelijk te maken dat hij zijn gave niet mag misbruiken. Bovendien ergert Clark zich aan het feit dat Bart met zijn talent gewoon te koop loopt, terwijl Clark er zelf alles aan doet om zijn geheim te bewaren. Ondertussen heeft Lex Luthor de hand gelegd op een uniek Coache-manuscript.

Jason wordt letterlijk onder vuur genomen door Dan,één van de spelers van het football-team. Clark kan hem op het nippertje redden van een gewisse dood. Clarks aanwezigheid binnen het team wordt door zijn medespelers niet altijd geapprecieerd, maar hij wil koste wat het kost overkomen als een ‘gewone’ tiener. Toch blijkt Clarks komst niet de enige reden te zijn voor het vijandelijke gedrag op en rond het veld. Het bizarre groene frisdrankje dat door de cheerleaders wordt verspreid, zorgt bij heel wat jongelui voor mysterieus, bezitterig gedrag.

Lois krijgt te horen dat ze haar laatste jaar middelbare school moet overdoen. Tot haar grote verbazing beslist haar vader dat ze dit in Smallville moet doen en dat ze gedurende die periode bij haar nicht Chloe moet verblijven. Clark besluit één van zijn dromen te verwezenlijken : deel uitmalen van het American Football-team. Wat hij niet weet, is dat zijn kersverse jonge coach Jason de vaste vriend is van Lana. Martha Kent besluit om de Talon uit te baten, ook al betekent dit werken in opdracht van Lex Luthor.

Lois en Clark gaan samen op zoek naar Chloe, van wie ze nu wel zeker weten dat ze nog steeds in leven is. Maar tijdens hun onderzoek worden ze telkens belaagd door gemaskerde mannen die willen verhinderen dat de twee jongeren op informatie stuiten. Maar ook Lex Luthor blijkt op zoek te zijn naar Chloe, om haar te beschermen zodat ze haar getuigenis kan afleggen in het proces tegen Lionel Luthor. Lex verzwijgt dit echter voor Clark, maar deze komt dit al gauw te weten en beseft dat Lex hem voor de zoveelste keer belogen heeft.

Drie maanden na Clarks terugkeer naar Krypton, ligt Jonathan Kent nog steeds in een diepe coma. Martha is ten einde raad sinds de dokter haar hebben voorgesteld de beademingstoestellen uit te schakelen. Wanneer ze op een dag Jonathans kamer verlaat, staat ze oog in oog met haar zoon Clark. Maar hij lijkt haar niet te herkennen. Hij werd in het ziekenhuis binnengebracht nadat Lois Lane, het nichtje van de inmiddels overleden Chloe, hem in een maïsveld had aangereden. Ten einde raad neemt Martha contact op met dokter Swann.