Een delegatie van Jonas zijn planeet komt om hulp vragen. Ze worden door twee andere volkeren van hun planeet bedreigd, want die hebben samen een pact gesloten. Zij vragen aan SG-1 om militaire hulpmiddelen, maar dat krijgen ze niet. Dan dreigen ze om de naquadriabom te gebruiken. Dat is de bom waar Daniel zijn leven voor heeft gegeven. Maar Jonas wordt gevraagd het verzet te steunen. O’Neill is daartoe wel bereid en ze gaan op zoek naar het verzet, maar waar is die?

O’Neill is nog steeds bij de Tokra om een symbioot te krijgen om zijn ziekte te overleven. Maar ineens bevind hij zich in een of ander geheim fort en zijn symbioot is verdwenen. De Goa’ould Baal martelt hem en ondervraagt hem. Na dood te zijn geweest wordt hij weer opgelapt in een sarcofaag en begint het proces opniew. Hij is ten einde raad en staat op het punt zijn geheimen prijs te geven. En dan in zijn cel staat daar ineens Daniel. Die wil hem helpen, maar niet op de O’Neill manier…

Sam wordt wakker gebeld door een nogal paniekerige man. Ze kent de man niet, maar besluit het toch te melden. SGC besluit dat Teal’c, Sam en Jonas dit moeten gaan uitzoeken (ONeill is nog bij de Tokra om een geschikte symbioot te krijgen). Wat ze in een klein stadje aantreffen is niets, maar toch iets heels vreemds. Sam moet uiteindelijk een belangrijke beslissing nemen om SG-1 en de bewoners te redden.

Op de Noordpool vinden wetenschappers een ingevroren vrouw. SG-1 gaat langs omdat blijkt dat de vrouw wel heel erg oud is en niet van de aarde afkomstig is of kan zijn. Eenmaal ontdooit blijkt dat de vrouw een virus bij zich draagt, waar iedereen ziek van wordt en uiteindelijk zal sterven. Echter de vrouw heeft het vermogen iedereen te genezen, maar dit gaat ten koste van haar eigen gezondheid. O’Neill is de laatst die geholpen moet worden, maar dan sterft ze.....

Vlak boven de aarde hangt een Goaul’d moederschip. Het is geheel verlaten, althans dat denkt men. SG-1 probeert het moederschip heel naar de aarde te krijgen, maar dit mislukt. Het moederschip stort in de zee en loopt vol met water. SG-1 moet zien te ontsnappen.

Het probleem met de Stargate is nog niet opgelost. Teal’c heeft inmiddels van het gevaar gehoord en probeert samen met zijn zoon om de aarde te redden. Als laatste poging gaat O’Neill m.b.v. van een nieuw en speciaal op aarde gemaakt ruimteschip met buitenaardse technieken, de Stargate de ruimte in brengen om de aarde te redden. Maar redt het ruimteschip het wel?

Op aarde is een probleem ontstaan. Er komt een enorme hoeveelheid energie door de Stargate heen, ondanks dat de iris is gesloten. De teams die op andere planeten zijn kunnen dus niet terugkeren. Sam en de rest moeten snel de situatie oplossen, want de aarde wordt nog eens extra bedreigd door dat als het iris bezwijkt er zoveel energie vrijkomt dat de planeet zal worden opgeblazen. Ondertussen krijgt Teal’c die op zijn thuisplaneet is, met een geheel ander drama te maken.

SG-1 krijgt bezoek van een Asgard. Hij komt hen informeren dat de strijd tussen de Asgard en de Replicators een nieuw hoogtepunt heeft bereikt en dat Thor werd vermoord door de Goa'uld. De Asgard vraagt SG-1 om een ondergronds laboratorium te beschermen en om Heimdall, een Asgard-wetenschapper die gestrand is op een onherbergzame planeet, te redden. Het SG-1-team vertrekt op reddingsoperatie maar krijgt het moeilijker dan verwacht. Ze ontdekken dat Thor nog leeft maar dat hij gevangen is genomen door Osiris.

Daniel Jackson keert terug van een missie op een andere planeet. Hij heeft er een buitenaardse beschaving aangetroffen die met uitsterving wordt bedreigd omdat ze een massavernietigingswapen proberen te bouwen. Daniel werd er echter zelf ook blootgesteld aan een hevige dosis radio-actieve straling en moet dus bij zijn terugkomst meteen worden behandeld. Bovendien beschuldigen de buitenaardse bewoners hem ook van sabotage. Terwijl Daniel vecht voor zijn leven, besluit het SG-1-team op onderzoek te gaan naar de beruchte planeet.

De Sentinel is een machtig beschermingswapen dat zou kunnen worden ingezet in de strijd tegen de Goa'ulds. Het werd ooit op een planeet gevonden door leden van de corrupte NID. Zij probeerden het toen te stelen maar dat mislukte en de Sentinel raakte beschadigd. Door Jack O'Neill zitten die verraders nu in de gevangenis, maar toch kan hij hen overhalen om samen met het SG-1-team terug naar de planeet te gaan en de Sentinel te herstellen. Op die planeet staan echter een aantal Jaffa's in de aanslag om indringers die door de Stargate komen, tegen te houden.