SG-1 krijgt bezoek van een Asgard. Hij komt hen informeren dat de strijd tussen de Asgard en de Replicators een nieuw hoogtepunt heeft bereikt en dat Thor werd vermoord door de Goa'uld. De Asgard vraagt SG-1 om een ondergronds laboratorium te beschermen en om Heimdall, een Asgard-wetenschapper die gestrand is op een onherbergzame planeet, te redden. Het SG-1-team vertrekt op reddingsoperatie maar krijgt het moeilijker dan verwacht. Ze ontdekken dat Thor nog leeft maar dat hij gevangen is genomen door Osiris.

Daniel Jackson keert terug van een missie op een andere planeet. Hij heeft er een buitenaardse beschaving aangetroffen die met uitsterving wordt bedreigd omdat ze een massavernietigingswapen proberen te bouwen. Daniel werd er echter zelf ook blootgesteld aan een hevige dosis radio-actieve straling en moet dus bij zijn terugkomst meteen worden behandeld. Bovendien beschuldigen de buitenaardse bewoners hem ook van sabotage. Terwijl Daniel vecht voor zijn leven, besluit het SG-1-team op onderzoek te gaan naar de beruchte planeet.

De Sentinel is een machtig beschermingswapen dat zou kunnen worden ingezet in de strijd tegen de Goa'ulds. Het werd ooit op een planeet gevonden door leden van de corrupte NID. Zij probeerden het toen te stelen maar dat mislukte en de Sentinel raakte beschadigd. Door Jack O'Neill zitten die verraders nu in de gevangenis, maar toch kan hij hen overhalen om samen met het SG-1-team terug naar de planeet te gaan en de Sentinel te herstellen. Op die planeet staan echter een aantal Jaffa's in de aanslag om indringers die door de Stargate komen, tegen te houden.

Het SG-1-team bevindt zich op een planeet die compleet verwoest is. In een afgelegen grot treffen ze een bewusteloze vrouw aan, die echter geen vrouw van vlees en bloed blijkt te zijn maar een robot. De leden van SG-1 nemen de robotvrouw mee naar hun thuisbasis en kunnen ze weer tot leven brengen. Daniel probeert uit te zoeken wat de robotvrouw is overkomen, maar ze kan zich niks meer herinneren. Ondertussen doet Jack een akelige ontdekking op de plaats waar de vrouw werd gevonden.

Kytano is een Jaffa die ooit de rechterhand was van de systeemheer Imhotep. Hij houdt een toespraak voor een groep andere Jaffa's en vertelt hen over de vrijheid. Hij noemt de Goa'ulds valse goden en roept op om tegen hen te strijden. Tussen alle aanwezige Jaffa's staan ook Teal'c en Bra'tac. Wanneer zij terugkomen op aarde trachten ze het SG-1-team te overhalen om een alliantie te vormen met dit leger van Jaffa's. O'Neill twijfelt echter aan de capaciteiten van Kytano en vertrouwt de zaak niet helemaal. Generaal Hammond besluit om hen voedsel en wapens te bezorgen.

Een grote astroïde nadert de aarde. Als er niets gedaan wordt, zal ze de oceanen en de zeeën laten overkoken. Jack O'Neill vraagt de Asgard om bescherming, maar die mogen niet helpen omwille van hun verbond met de Goa'ulds. Er rest slecht één oplossing: een bom moet de astroïde doen ontploffen alvorens ze op de aarde inslaat. Het SG-1-team beslist om het gecrashte schip van de Goa'ulds te gebruiken om naar de astroïde te gaan, maar dit moet uiteraard eerst tijdig hersteld raken.

Daniel is nog steeds als slaaf aanwezig op het ruimteschip met alle Goa'uld-leiders. Hij twijfelt over zijn missie, maar Selmak kan hem toch overtuigen om door te zetten. Jack en de rest zitten nog steeds vast in de Tok'ra-tunnels. Ze moeten op zoek gaan naar kristallen die de versperring op hun weg ongedaan kunnen maken. Ondertussen komt Daniel erachter dat Anubis, een verbannen systeemheer, nog leeft en dat hij snode plannen heeft.

De Goa'uld komen op neutraal terrein samen voor vredesbesprekingen. Elke Goa'uld-leider mag een menselijke slaaf meenemen naar deze bijeenkomst. Omdat Daniel de enige is die vlot Goa'uld praat en geen Jaffa is, wordt hij aangeduid om als slaaf mee te gaan. De Tok'ra hebben echter een plan uitgedokterd om de Goa'uld op die vredesconferentie volledig uit te schakelen. Ze willen Daniel dan ook als handlanger inschakelen. Hij krijgt de opdracht het nieuwe Tok'ra-wapen te activeren. Dit wapen bevat een dodelijk gas waarmee de Goa'uld-symbioten kunnen gedood worden.

Wanneer Teal'c als laatste door de Stargate gaat, raakt hij vast in het netwerk. Het SG-1-team heeft slechts achtenveertig uur om Teal'c te redden, zoniet sterft hij. Kolonel Simmons eist immers dat de Gate na deze tijd terug opengaat. Carter krijgt hulp van specialist McKay, terwijl Daniel naar Rusland reist en er de regering om hulp vraagt. Rusland heeft immers een speciaal toestel om Teal'c te bevrijden.

O'Neill moet een groep kadetten opleiden en na twee mislukte expedities wil hij hen uit het Stargate trainingsprogramma zetten. O'Neill wordt echter genoodzaakt de leerlingen in te schakelen wanneer hij door onbekenden wordt aangevallen. De kadetten weten echter niet dat de hele aanval opgezet spel is.