Smallville High maakt zich op voor het jaarlijkse schoolbal. Noch Lana noch Clark hebben echter zin om te gaan. Chloe probeert hen op andere gedachten te brengen, maar plots raakt ze zelf ook minder enthousiast wanneer blijkt dat zij kans maakt op het kroontje van Prom Queen, en dat is écht haar ambitie niet. Dawn, de topfavoriete, is echter niet gediend met deze onverwachte concurrentie. Bovendien laat haar vriendje Billy haar plots in de steek. Nog voor Dawn iets kan bedenken om haar prom-plannen terug op de rails te krijgen, wordt ze het slachtoffer van een zwaar ongeval.

Lex voert in het Luthor-laboratorium experimenten met meteorietsteen. Eén van de experimenten loopt echter verkeerd af. Minuten later rijst een kloon van Lex op uit de brokstukken. Binnen de kortste keren slaagt deze erin de échte Lex op te sluiten en inspireert zich als een vorm van emotionele terreur op het verhaal van de ‘man met het ijzeren masker’ om Lex buitenspel te zetten. Ondertussen ontdekken Chloe en Clark dat er iets aan de hand is met Lex…

Lois’ zus Lucy duikt onverwacht op ten huize Kent. Ze is gevlucht uit Zwitserland, waar ze op kostschool zit, omdat ze er belaagd werd door een mysterieuze man. Dat vertelt ze echter aan niemand in Smallville, zelfs niet wanneer de man kort nadien in het dorp opduikt. Clark heeft echter door dat ze iets verbergt en laat het niet na haar daarmee te confronteren. Lana en Jason stellen vast dat de magische steen uit Lana’s appartement ontvreemd werd.

Clark krijgt van dokter Virgil Swann een mysterieus pakketje toegestuurd, minuten nadat hij op het nieuws het overlijden van de arts vernomen heeft. Swann geeft hem de opdracht zijn vader, Jor-El, op te zoeken om zijn missie te vervolledigen en de 3 stenen, de enige overblijfselen van hun beschaving, te herenigen. Clark heeft al één in zijn bezit. De andere twee lokaliseren dreigt een heel beproevende opgave te worden. Ondertussen blijkt Jason in Shanghai op zoek te zijn naar één van de stenen, in opdracht van Lionel Luthor. Maar ook Lana is blijkbaar op zoek naar de waardevolle voorwerpen…

Lois rijdt een hond aan. Ze neemt hem meteen mee naar de boerderij van de Kents om het gewonde dier te verzorgen. Maar tot haar grote verbazing staat de hond enkele ogenblikken later al weer vrolijk te kwispelen en blijkt hij over heel wat kracht te beschikken om zich los te maken van zijn ketting. Clark heeft meteen een band met het dier, maar toch geven zijn ouders hem en Lois de raad te achterhalen wie het dier toebehoort.

Clark kijkt uit naar een weekendje in Metropolis. Hij doet er mee aan een try-out voor het football-team van de universiteit en wordt er rondgeleid door zijn streekgenoot Jeff. Al snel ontdekt hij dat de spelers van Met-U flink in de watten gelegd worden door sponsors en allerhande voordelen hebben. Anderzijds wordt het hem ook duidelijk dat ze enorm onder druk staan. Lois en Chloe bevinden zich eveneens op de universiteitscampus. Lois heeft er zich namelijk in nauwe schoentje gewerkt na een nachtje boemelen. Zij wordt verantwoordelijk geacht voor de verlamming van Jeffs ploegmaat Coop.

Alicia en Clark vormen nog steeds een stel, maar dat wordt hem nog door zijn ouders noch door zijn vriendin in dank afgenomen. Wanneer zowel Lana als Jason door een onzichtbare kracht aangevallen worden, wijzen alle verdenkingen in de richting van Alicia. Zelfs Clark begint aan haar oprechtheid te twijfelen. Alicia besluit Chloe alvast te overtuigen van haar onschuld en doet dit op een heel slinkse manier : ze besluit Chloe met Clarks geheim te confronteren. Ondertussen komt Chloes nichtje Lois alvast een stap dichter bij de échte belager.

Alicia wordt ontslagen uit Bellerive, de instelling waar ze sinds de aanslag op Lana’s en Clarks leven verbleef. Dankzij een loden armband is ze niet langer in staat haar destructieve teleportatie-gave aan te wenden, maar de innige band voor Clark koestert ze nog steeds. En dat blijkt wederzijds : Clark ziet in haar zijn ideale partner omdat ze zijn geheim kent en net als hem over speciale krachten beschikt. Ook al weet hij dat ze een mogelijk gevaarlijke jongedame kan zijn, toch blijft hij contact met haar zoeken.

Jason valt bewusteloos neer in de Talon. Hij wordt in allerijl naar het ziekenhuis gebracht, waar Lana verneemt dat hij als het ware in een paniekcoma is beland waar hij niet lijkt uit te raken. Lana vreest het ergste en snelt naar Clark om een verklaring te zoeken. Maar Jason blijkt niet het enige slachtoffer te zijn van deze mysterieuze ziekte… Even later worden ook Chloe en Lana getroffen. Clark zoekt onverminderd verder naar de oorzaak. Het enige spoor leidt naar Luthor Corp.

Lex werkt zichzelf in een lastig parket wanneer hij na een passionele nacht met een brunette ontwaakt naast haar vermoorde lichaam. Hij houdt zijn onschuld vol, maar zelfs zijn advocaten twijfelen aan zijn oprechtheid. Hij vermoedt dat zijn vader Lionel hem erin probeert te luizen, maar Clark weet wel beter na een gesprek met de man. Bijgevolg gaat Clark samen met Chloe op zoek naar aanwijzingen die de aantijgingen aan Lex’ adres kunnen weerleggen. Ondertussen raakt Lana helemaal van streek na een mysterieuze ontmoeting met de moeder van Jason.