Martha Kent komt in de stormkelder in contact met meteorietgas en moet in allerijl opgenomen worden in het ziekenhuis met ernstige ademhalingsproblemen. De artsen stellen vast dat ze besmet is met een toxische stof en willen de Kent-ranch onderzoeken. Jonathan geeft Clark de opdracht om het ruimteschip zo snel mogelijk in veiligheid te brengen, maar op die manier komt de jonge held zelf in contact met het goedje en wordt geveld door een hevige koorts waardoor hij het bewustzijn verliest. Chloe vertrouwt hem op zijn ziekbed haar geheime liefde voor hem toe.

Lex brengt zijn achttienjarige broer Lucas naar Smallville en stelt hem voor aan Clark en Pete. Tussen Clarke en Lucas lijkt het niet echt te klikken. Lex confronteert zijn vader Lionel met Lucas’ komst en de zakelijke gevolgen die zijn komst met zich meebrengt voor het familie-imperium. Lex is met verstomming geslagen wanneer de snode Lucas genadeloos de kant van zijn vader kiest. Lex is bijgevolg dakloos, blut en komt bij de Kents onderdak vragen.

Chloe neemt Pete mee naar een wilde rave-party in de grotten van Smallville. Pete heeft hier echter absoluut geen zin in, want hij vreest dat de fuivende jeugd onherstelbare schade zal aanbrengen aan de unieke schilderingen waar Clark omwille van zijn origine zoveel waarde aan hecht. Plots handelt de anders zo verlegen Travis, een medeleerling van Chloe en Pete, enorm euforisch. Hij heeft het gevoel dat hij alles aankan, kent geen vrees meer en stort weinige ogenblikken later te pletter wanneer hij van een rots springt.

Jonathan Kent wordt gearresteerd als hoofdverdachte nummer één voor de moordaanslag op Lionel Luthor. Alle bewijzen die de politie heeft verzameld, tonen aan dat Jonathan de schuldige is. Clark vraagt Henry Small, Lana’s vader, om als advocaat Jonathans belangen te behartigen. Maar deze weigert tegen alle verwachtingen in. Lana besluit uit te vissen wat zijn motief hiervoor is. Lionels medewerker Dominic tipt de politie over het feit dat Lex zelf wel eens de mogelijke dader zou kunnen zijn. Maar Clark heeft moeite dit te geloven.

Lex ontdekt dat zijn vader afluisterapparatuur geplaatst heeft in zijn kantoor en is furieus. Hij heeft hierdoor immers net naast een belangrijke miljoenendeal gegrepen. Martha en Jonathan zijn van plan hun huwelijksverjaardag te vieren met een romantische picnic. Maar Martha wordt door Lionel Luthor gedwongen voor twee dagen de stad uit te gaan voor een belangrijke zakendeal. Jonathan vindt dit ongehoord, maar Martha snapt niet waarom hij nog steeds zo sceptisch staat tegenover het feit dat ze die job uitoefent om extra geld in het laadje te krijgen.

Whitney keert terug naar Smallville. Hij herinnert zich echter slechts fragmenten uit zijn verleden, maar lijkt bijzonder agressief te zijn. Enkel Clark lijkt dat te beseffen. Wanneer hij Lana daarvoor wil waarschuwen, verwijt ze hem jaloers te zijn. Gaandeweg blijkt bovendien dat Whitney om het even welk gedaante kan aannemen. Bovendien vermoordt hij de officier die zijn moeder komt vertellen dat de échte Whitney omgekomen is op het slagveld…

Kent ontmoet Kaila en haar grootvader. Zij zijn afstammelingen van een eeuwenoude indianenstam en proberen de grotten en de grotschilderingen van Smallville te redden nu Luthor Corp er een groot kantorencomplex wil op bouwen. Clark is alvast enorm gemotiveerd om hen te helpen. Hij heeft namelijk niet alleen een oogje op de bloedmooie Kaila, maar heeft tevens ontdekt dat de grotschilderingen hem mogelijk meer informatie kunnen verschaffen over zijn herkomst. Ondertussen nemen Lionel Luthor en zoon Lex het tegen mekaar op omtrent de hetze rond het al dan niet boycotten van het bouwproject…

Clarks vader heeft een ongeluk op de boerderij en wordt met en gebroken been opgenomen in het ziekenhuis. Martha geeft zichzelf de schuld van het voorval en denkt eraan haar job bij de Luthors op te geven. Wanneer Lex Jonathan een bezoek brengt, ontmoet hij de knappe dokter Brice. De vrouw intrigeert hem en hij besluit contact met haar te zoeken. Ondertussen laten zowel Chloe als Lana zich verleiden door topstudent Ian. Clark vindt echter dat er iets niet pluis is met de jongeman, maar Chloe en Lana schuiven zijn waarschuwingen van hen af en beweren dat Clark jaloers is.

Clark ontvangt een paniektelefoon van Ryan. De tiener wordt tegen zijn wil vastgehouden in een medische faciliteit waar hij onderworpen wordt aan allerlei experimenten rond zijn helderziendheid. Clark ontvoert hem en Lex biedt hem onderdak aan. Maar zijn behandelende arts en de politie staan al snel aan de deur van de Kents om Ryan op te eisen. Lex kan echter via juridische tactieken de internering van Ryan belemmeren. Maar dan blijkt dat de jongen een ongeneeslijke hersentumor heeft. Ondertussen verneemt Lana dat ze samen met haar tante en diens nieuwe vriend naar Metropolis moet verhuizen.

Clark ontmoet een vrouw die beweert zijn biologische moeder te zijn. Sterker zelfs, de vrouw – ene Rachel Dunleavy – is de ex-werkneemster van de Luthors die ooit een relatie had met Lionel, zwanger raakte van hem en haar zoontje moest afstaan voor adoptie. Ze vertrouwt Lex toe dat Clark zijn halfbroer is en is vastberaden zich met Clark te herenigen. Clark en zijn ouders weten dat haar verhaal onmogelijk kan kloppen omwille van zijn buitenaardse origine, maar niettemin moet Clark noodgedwongen een DNA-test laten uitvoeren.