Zod laat zijn leger van Kandorianen los om de wereld te vernietigen en Chloë mobiliseert alle aardse helden om weerstand te bieden. Clark ontdekt dat terugkeren naar Krypton, de enige manier is om de aarde te redden. Hij moet dan ook afscheid nemen van zijn geliefde Lois. Die begint te twijfelen aan de ware identiteit van Clark wanneer Zod haar vertelt dat hij de Blur is. Ondertussen zweeft Tess tussen leven en dood na een hardhandig gevecht met Zod. Oliver verdwijnt dan weer volledig van de radar, tot grote ontzetting van Chloë.

Martha, de moeder van Clark, keert terug naar Smallville en wordt vergezeld door haar nieuwe vriend, Perry White. Perry was vroeger nog hoofdredacteur van de Daily Planet. De relatie tussen Clark en Lois komt onder druk te staan. Clark wordt helemaal opgeslorpt door zijn strijd tegen Zod en de Kryptoniaanse soldaten. Lois is een grote primeur op het spoor en voelt zich in de steek gelaten door Clark. Chloe voelt zich nutteloos als virtuele kracht in de strijd tegen Zod en wil echte hulp bieden.

Tess en Chloe zitten gevangen in de Watchtower, waar Oliver beslist het op te nemen tegen Zod. Clark ontdekt dat alle Kryptoniaanse soldaten van Zod superkrachten hebben gekregen en zoekt naar een manier om hen te stoppen.

Op de redactie van de Daily Planet krijgen Clark en Lois een berisping waardoor ze tegenover elkaar worden uitgespeeld. Niet alleen op de werkvloer loopt het spaak tussen Lois en Clark wanneer Clark ontdekt dat Lois iets voor hem achterhoudt. Maar als Lois in handen valt van Zod, doet Clark er alles aan om haar terug te halen, al loopt dat niet zo gemakkelijk. Zod houdt Lois gevangen, samen met anderen die in contact zijn gekomen met de Blur.

Zod blijft poseren als "The Blur" en vraagt Lois om één van Tess's geheime labs te onderzoeken. Een explosie veegt het lab van de kaart en Lois wordt gered door John Corben, die het proefkonijn van verschillende experimenten was. Tijdens het onderzoek naar de explosie wordt Clark blootgesteld aan rode kryptoniet. De besmette Clark neemt Zod mee naar de Fortress. Tess vraagt Chloe om hulp en ze schakelen Corben. Die moet Clark ervan weerhouden al zijn geheimen te onthullen.

Tess beraamt een plan om Green Arrow te kidnappen en levert hem uit aan Amanda Waller. Zij vertelt hem dat de overheid hem gerekruteerd geeft om het land te dienen. Voor ze zijn ware identiteit kunnen achterhalen, weet Green Arrow echter te ontsnappen. Ondertussen dreigt Waller ermee om Chloe te vermoorden, tenzij Clark haar de namen en verblijfplaatsen van de rest van de Justice League geeft...

Clark en Lois knijpen er even tussenuit voor een romantisch uitje met z'n tweetjes. Hun plannen worden overhoop gegooid wanneer ze Chloe en Oliver tegenkomen in hun Bed & Breakfast. Het genante moment is snel vergeten wanneer Silver Banshee, een moordzuchtige vrouw, haar zinnen heeft gezet op Clark en Oliver. Ondertussen rekent Tess af met Zod, met een verassend resultaat tot gevolg...

Bernard Chisholm, een dokter die terug tot leven gewekt werd door de Kandorians, zodat ze op hem konden experimenteren, ontsnapt en kidnapt enkele Kandorians om te bewijzen dat de aliens de aarde zijn binnengevallen. Bernard probeert Lois een artikel te laten schrijven dat zijn vermoeden bevestigd. Maar Lois gaat er niet op in en wordt ook gekidnapt door Bernard. In een poging om zijn mensen te redden, doet Zod zich voor als een reporter van de Daily Planet en ontdekt Bernard's geheime lab. Clark komt net op tijd aan in het lab om Zod neergeschoten te zien worden...

Valentijnsdag. Terwijl Clark op date is met Lois, krijgt hij Kryptonite-poeder in zijn ogen waardoor hij, zonder het te weten, een hypnotiserende, wensvervullende kracht heeft. Clark zou liever een traditionelere relatie hebben met Lois en dus stopt een gehypnotiseerde Lois met haar job bij de Daily Planet, om hun huwelijk te plannen. Onwetende over zijn nieuwe kracht, vertelt Clark Chloe dat hij graag zou hebben dat ze hem wat meer zou beschermen. Een besmette Chloe neemt die wens ter harte en zet haar zinnen op een nieuw target: Lois.

Clark ontmoet Zatanna op een stripbeurs, waar zij hem vertelt dat haar vader's vriend een strip maakte waarvan het idee door de uitgever werd gestolen. Zatanna's vader legde een vloek op de originele strip, in de hoop de uitgever een lesje te leren. Maar niemand opende de strip tot nu toe. Stephen, een geïnteresseerd jongetje, steelt de strip op de beurs en opent hem. Stephen ontwikkelt krachten, waardoor hij in een Warrior Angel transformeert en Chloe red van een ongeluk. Ondertussen wordt Lois jaloers op Clark's relatie met Zatanna.