Op de middelbare school van Smallville breekt de periode aan van de verkiezing van schoolpresident. Drie studenten stellen zich kandidaat waaronder Paul. Hij wordt echter aangevallen door een zwerm bijen en staat tijdelijk buitenspel. Vervolgens besluit Pete Clark in te schrijven. Clark voelt aanvankelijk weinig voor het idee, maar laat zich meeslepen. Wanneer ook kandidate Felice aangevallen wordt door een zwerm bijen, voelt Clark aan dat kandidate Sasha er voor iets tussenzit. Samen met Chloe trekt hij op onderzoek uit…

Tyler Randall raakt besmet door meteorietsteen en dat heeft bij hem wel een zeer aparte uitwerking. Door een aanraking kan hij zieke en oude mensen laten sterven. Hij maakt daar dan ook gebruik van om hen uit ‘hun lijden te verlossen’… Whitneys zieke vader wordt mogelijk zijn volgende slachtoffer. Clark doet zijn uiterste best om Tyler een halt toe te roepen. Ondertussen heeft Lex opnieuw ruzie met zijn vader die zijn firma in Smallville financieel wil doorlichten en die Lex’ onderzoek naar Clark en zijn ouders als chantagemiddel aan het licht dreigt te brengen.

Clarks moeder rijdt op een avond een jongen aan die plots voor haar wagen springt. Wat ze niet weet, is dat de jongen – Ryan – op de vlucht is voor een echtpaar overvallers die hem inschakelen om het cijferslot van geldkluizen te memoriseren. De jongen is namelijk helderziende. Clarks ouders besluiten de jongen tijdelijk in huis te nemen. Ryan heeft meteen een uitstekende band met Clark. Het feit dat ze beiden over speciale gaven beschikken, helpt hen mekaars gevoelens te begrijpen.

Jonathan Kent heeft een aanrijding met een medewerker van Lionel Luthor die op dat moment een zeldzaam exemplaar van de Nicodemus-bloem vervoert. Jonathan overleeft de klap, maar gedraagt zich sindsdien zeer bizar. Hij is agressief en door niemand meer in te tomen. Wanneer hij het bewustzijn verliest, wordt hij opgenomen in het ziekenhuis. Daar blijkt dat hij en ook de Luthor-medewerker besmet geraakt zijn door een giftige plant waarvoor geen tegengif bestaat. Wanneer Chloe en Lana op zoek gaan naar sporen op de plaats van het ongeval, raakt ook Lana besmet.

Drie jaar terug werd Lex beschuldigd van de moord op Jude Royce. De man was de toekomstige echtgenoot van Lex’ boezemvriendin Amanda. Lex zorgde ervoor dat Judes ontrouw gedrag aan het licht kwam waardoor Amanda het huwelijk afblies. Kort nadien ontstond een vechtpartij tussen Lex en Jude waarbij Jude het leven liet. Sinds de doodgewaande Jude overal blijkt op te duiken, is Lex in paniek. Hij is op zijn hoede, maar dat blijkt niet voldoende te zijn. Jude probeert hem op alle mogelijke manier te bedreigen en het leven zuur te maken. Hij wil Lex laten boeten voor zijn Metropolis-verleden…

Chloe en Clark nemen ten huize Luthor een interview af van Lex voor de krant. Wanneer Lex even een telefoon van zijn vader beantwoordt en Clark en Chloe alleen laat in de bibliotheek, wordt het tweetal plots aangevallen door drie gemaskerde mannen. Ze roven kostbaarheden uit Lex’ schattenkamer en lijken doorheen muren te kunnen lopen. Clark kan hun echter niet de baas omdat ze meteoriet in hun bloedstroom hebben en hij door hun aanwezigheid verlamd wordt. Hij kan ook Chloe niet redden van een metershoge val. Ze belandt zwaargewond in het ziekenhuis.

Bob Rickman zet koers naar Smallville. De industrieel wil er een fabriek bouwen en is niet van plan zich aan de milieuwetgeving te houden. Hij heeft zelfs al een domein voor ogen om zijn vervuilende fabriek op neer te poten … en dat is de ranch van de Kents. Tegen alle verwachtingen in verkoopt Jonathan zijn eigendommen en dat baart Clark kopzorgen. Hij kan maar niet begrijpen dat zijn vader akkoord gegaan is om zijn bezittingen te verkopen.

Amy woont nu al een tijdje met haar ouders en haar broer Jeff op het landgoed van Lex Luthor. Terwijl haar moeder het huishouden in het kasteel voor haar rekening neemt, droomt Amy in alle stilte van een relatie met Lex. Sinds de Britse Victoria echter bij hem verblijft, beseft ze meer dan ooit dat hij niet verliefd op haar is. Ze hult zich in zelfmedelijden en doet nors tegenover haar gezinsleden.

De schooldirecteur is ontevreden over de inhoud van de schoolkrant en besluit Chloe te ontslaan als hoofdredactrice. Lana wil voor haar positie gaan ijveren, maar haar onderhandelingen mislukken en Lana wordt zelf aangeduid als haar opvolgster. En dat valt allerminst in goede aarde bij Chloe… Clark wordt op de hielen gezeten door Sam Phelin, een oude kennis van Lex die een detective blijkt te zijn voor de politie van Metropolis. De man heeft Clarks geheim ontdekt en wil zijn hulp inroepen om de misdaad in de stad tegen te gaan.