Het SG-1 team bezoekt een planeet die ze in het verleden van de Goa'ulds gered hebben. De planeet wordt echter opnieuw onderdrukt, ditmaal door de Goa'uld Cronos. Maar de inwoners willen niet opnieuw in opstand komen tegen hun leider. Het Stargate-team had hen immers beloofd dat hun vijanden nooit meer zouden terugkomen, maar die belofte werd verbroken en dus kunnen O'Neill en zijn collega's niet op hun steun rekenen. Ze krijgen echter wel versterking van hun identieke robots en samen binden ze de strijd aan tegen Cronos.

De Stargate wordt aangevallen door een buitenaards wezen met heel wat schade en chaos tot gevolg. Het wezen heeft zich tijdens de verwarring in het computersysteem genesteld en neemt geleidelijk aan de controle over. Jack wil het wezen vernietigen, maar Daniel en Samantha vinden dit niet de juiste oplossing. Zij hopen met het wezen te communiceren. Maar dan neemt het wezen controle over Carters lichaam en komt het Stargate-team voor een dilemma te staan.

Wanneer Carter een lezing geeft op de luchtvaartacademie, ontmoet ze studente Jennifer Hailey. Ze vindt haar een intrigerend meisje en overtuigt generaal Hammond ervan om haar mee te nemen doorheen de Stargate. Hij gaat akkoord en bijgevolg bezoeken de vrouwen O'Neill en Teal'c die een missie op de maan volbrengen. Ze moeten er de veiligheid verzekeren van enkele wetenschappers. Alles lijkt in orde te zijn totdat één van de onderzoekers wordt gedood door kleine buitenaardse wezens.

Een lid van het Stargate-team komt terug van een missie, maar pleegt kort hierna zelfmoord. Ook Daniel die meeging naar de andere planeet, wordt na zijn thuiskomst zwaar depressief en belandt in een coma. Carter, O'Neill en Teal'c willen hun vriend redden en bezoeken de andere wereld om er op zoek te gaan naar een remedie voor Daniels kritieke toestand. Ze vinden er een vreemde lichtstraal, die de gemoedstoestand van de mensen beïnvloedt en hen verslaaft maakt aan het licht.

Daniel ontmoet zijn zoon, Harsesis. Deze heeft al de herinneringen van de Goa'ulds in zich en het Stargate-team hoopt met deze herinneringen sterker te staan tegenover hun grote vijand. Harsesis geeft al de herinneringen door aan zijn vader, maar hij begint misbruik te maken van die herinneringen. Hij bouwt een aantal satellieten en hoopt hiermee heel de wereld in handen te krijgen. Enkel Jack kan Daniel nog proberen te stoppen.

2010. Dankzij een samenwerking tussen het Stargate-team en een groep ruimtewezens zijn de Goa'ulds verslagen. De systemen en de technologie van het Stargate-team zijn ondertussen volledig ingeburgerd op aarde. De mensen en de ruimtewezens leven vreedzaam naast elkaar. Maar dan ontdekt Carter dat het zwangerschapscijfer in de laatste tien jaar met negentig procent is gedaald en dat heel wat koppels kinderloos blijven. Ze komt er achter dat de ruimtewezens de mensen op die manier willen uitroeien en zelf over de aarde willen regeren.

Wanneer Hammond ontslag neemt, is Jack O'Neill er zeker van dat er meer achterzit dan de generaal beweert. O'Neill ontdekt dat het NID er voor iets tussen zit. Ondertussen wordt generaal Hammond vervangen en voert zijn opvolger allerlei hervormingen door die niet door het team worden geapprecieerd. Zo moet Carter meehelpen aan de bouw van een bom die heel de planeet kan verwoesten. O'Neill beslist op eigen houtje in te grijpen.

Wanneer Teal'c een bezoek brengt aan Chulak, wordt hij gevangen genomen door de Goa'ulds. Het Stargate-team is hier niet van op de hoogte werkt intussen verder aan zijn eigen opdracht die er in bestaat een verdrag tussen Apophis en Heru'ur te verhinderen. Maar het Stargate-team is verrast wanneer Heru'ur het verdrag sluit met Apophis en als teken van hun vriendschap Teal'c aan Apophis schenkt.

Daniels oude professor in de archeologie, dr. Jordan, komt om bij een mysterieus experiment in zijn laboratorium. Daniel reist af naar de plaats van de begrafenis en bezoekt zijn oude medestudenten. Maar wanneer hij hen ontmoet, wordt het hem duidelijk dat het niet om een gewoon ongeval gaat. Hij ontdekt dat dr. Jordan bezig was met het onderzoeken van een Egyptische pot, die gif van de Goa'ulds bevatte. Na onderzoek blijkt er nog een tweede pot in omloop te zijn. Daniel hoopt het mysterie zo snel mogelijk op te lossen.

Het Stargate-team heeft een speciaal vliegtuig ontworpen, dat gebruikt kan worden als verdedigingswapen bij missies. Wanneer Jack en Teal'c er een testvlucht mee maken, komen ze echter in de problemen. Het vliegtuig is oncontroleerbaar en lijkt een eigen wil te hebben. Het vliegt meteen de ruimte in, waardoor het contact met de begane grond heel moeilijk wordt. Samantha en Daniel proberen er alles aan te doen om hun twee collega's veilig aan de grond te krijgen...