Lana is zwanger van Lex, maar heeft enkel Chloe op de hoogte gebracht. Net wanneer ze overweegt om hem in te lichten over het kind dat ze draagt, worden ze opgeschrikt door een alarm ten huize Luthor en verdwijnt Lex spoorloos. Lana stapt naar Lionel Luthor voor verheldering en hulp. Zij blijft volhouden dat ze zag dat Lex plots een statisch gestalte aannam. Maar Lana contacteert ook Chloe, die haar eigen onderzoek naar Lex' verdwijning instelt met de technische hulp van Jimmy. Ondertussen bevindt Clark zich in Seattle om moordzuchtige criminelen uit de Phantom Zone een halt toe te roepen.

Oliver Queen en Lois beleven een passionele avond wanneer hij plots verdwijnt. Lois denkt dat haar knappe vriend alle interesse in haar verloren heeft, maar weet niet dat hij actie ondernam als de Green Arrow en levensgevaarlijk gewond raakte. Clark snelt hem stiekem ter hulp, maar doet een onthutsende vaststelling over Olivers helende vermogens. Lana wil zich ontfermen over een goed doel. Ze krijgt hiervoor echter geen groen licht van Lex en smeekt vriendin Chloe om stiekem te achterhalen wat zijn motivatie zou kunnen zijn. Martha en Lionel groeien meer naar elkaar toe.

Zoner Barren manifesteert zich op Aarde, om wraak te nemen op Kal-El. Ondertussen schrikt Clark zich een hoedje wanneer ook Rya haar weg naar de Kent-boerderij heeft gevonden. Zij dringt er bij hem op aan om de handen in mekaar te slagen om samen Barren te verslaan. Ze smeekt Clark tevens om de fouten goed te maken die hij tegenover Jor-El en Krypton heeft gemaakt. Lana slaagt erin informatie te vergaren over buitenaardse technologie zonder medeweten van Lex. Maar door toedoen van Jimmy Olsens paparazzi-werk als fotograaf, komt Lex alsnog te weten dat Lana hem iets heeft voorgelogen...

Wanneer zowel Oliver Queen als Lex Luthor present geven op de reünie van de prestigieuze Excelsior privéschool, blijkt dat ze het al sinds hun schooltijd niet op elkaar begrepen hebben. Lex en zijn toenmalige boezemvriend Duncan werden door Oliver en zijn vrienden gepest. Op een dag steeg de rivaliteit ten top en moest Duncan dat met z'n leven bekopen. Nu, jaren later, ziet het ernaar uit dat iemand wraak wil nemen voor Duncans onfortuinlijke dood. Clark smeekt Chloe op zoek te gaan naar satellietbeelden van 'Donkere Donderdag' in de hoop ontsnapte Zoners te kunnen lokaliseren.

Op een gala-avond voor investeerders stelt Lionel senator Martha Kent met grote trom voor. Ook Oliver Queen is aanwezig. Hij wordt voor het eerst vergezeld door Lois. Plots wordt de rustige avond verstoord wanneer de Green Arrow Bandit Martha's waardevolle halsketting ontvreemdt. Lois wijdt hier meteen de nodige aandacht aan in haar krant en wil deze dief zo snel mogelijk ontmaskeren. Maar ook Chloe en Clark zijn dat van plan. Lana toont zich van haar meest koele kant om Lex in bescherming te nemen tegenover zijn vader.

Wanneer Chloe en Jimmy wat romantiek opzoeken, wordt hun eerste innige kus verstoord door een ijselijke schreeuw. Minuten later ontdekken ze het levenloze lichaam van een meisje en stellen ze vast dat haar vriend spoorloos is verdwenen. Chloe stelt vast dat de manier waarop het onfortuinlijke meisje om het leven kwam op z'n minst merkwaardig te noemen is. Ze stapt naar Clark in de hoop dat hij een passende verklaring kan terugvinden. Ondertussen zet Lex Lana onder druk : hij vindt dat ze eindelijk moet beslissen of ze een relatie met hem wil.

Clark werkt zich uit de naad om al de vernieling die Zod veroorzaakte, op te knappen. Hij voelt zich schuldig namelijk persoonlijk verantwoordelijk voor al die ellende. Bovendien heeft hij last van zeer hevige niesbuien. Op die manier ontdekt hij dat hij over een nieuwe kracht beschikt. Lois slaagt erin een job in de wacht te slepen op de redactie van The Inquisitor. Lana neemt haar intrek bij Lex. Die vertelt haar dat hij achtervolgd wordt. Nauwelijks enkele uren later wordt hij ontvoerd.

Clark wordt voor de eeuwigheid verbannen naar de Phantom Zone, een Krypton-gevangenis die destijds gecreëerd werd door zijn biologische vader, Jor-El. Hij is al zijn krachten kwijt en krijgt het er bijzonder hard te verduren. In het lichaam van Lex huist Generaal Zod die de Aarde wil vernietigen en van Lana eist dat ze hem een troonopvolger schenkt. Lois en Martha overleven de vliegtuigcrash, maar om veilig en wel terug op Aarde te belanden moet Martha Jor-El wel een moeilijke belofte doen. Chloe probeert te overleven in Metropolis en vindt steun bij Jimmy Olsen.

Lex wordt op een ochtend wakker aan Lana's zijde met een soort oorsuizingen die hem naar een graanveld sturen. Daar wordt hij door een ruimteschip opgepikt. Lana heeft alles met haar eigen ogen zien gebeuren en neemt Chloe hierover in vertrouwen. Lana heeft ook Milton Fine gezien en is er zeker van dat hij er voor iets tussenzit. Wanneer Chloe het verhaal op haar beurt aan Clark doet, is hij er zeker van dat dit een nieuw plan is van Generaal Zod. Hij gaat praten met Jor-El om op zoek te gaan naar antwoorden en oplossingen...

Clark praat in een visioen met zijn overleden vader Jonathan Kent die hem een niet mis te verstane boodschap geeft, zijn allerlaatste boodschap : vermoord Lionel Luthor vooraleer hij de dood van talloze mensen op zijn geweten heeft. Clark neemt zijn moeder én Chloe hierover in vertrouwen want de gedachte dat zijn vader hem zou vragen dergelijke misdaad te plegen, laat hem niet los. Ondertussen licht Lex zijn geliefde Lana in over de virussen die hij via Milton Fine bemachtigd heeft en waarvoor hij een antistof heeft laten ontwikkelen.