Clark praat in een visioen met zijn overleden vader Jonathan Kent die hem een niet mis te verstane boodschap geeft, zijn allerlaatste boodschap : vermoord Lionel Luthor vooraleer hij de dood van talloze mensen op zijn geweten heeft. Clark neemt zijn moeder én Chloe hierover in vertrouwen want de gedachte dat zijn vader hem zou vragen dergelijke misdaad te plegen, laat hem niet los. Ondertussen licht Lex zijn geliefde Lana in over de virussen die hij via Milton Fine bemachtigd heeft en waarvoor hij een antistof heeft laten ontwikkelen.

Clark ontdekt dat Lana en Lex een stel vormen en dat maakt hem razend. Bovendien beseft hij dat Chloe dat al eerder wist en ook dat doet hem pijn. Hij kan niet begrijpen dat zijn ex gevallen is voor de charmes van een man die niet te vertrouwen is. Clark laat zich vervolgens mee op sleeptouw nemen door ene Graham, een jongeman die hij eerder die dag van een gewisse dood redde. Graham lijkt niet alleen een boon te hebben voor Lois, maar tevens een gezochte huurmoordenaar.

Iemand heeft het op Lionel Luthors leven gemunt en gaat niet alleen bijzonder driest maar ook bijzonder intelligent te werk om dat doel te realiseren. Welke veiligheidsmaatregelen Lionel ook neemt, zijn belager slaagt er niettemin in hem te ontvoeren en hem met allerlei levensbedreigende uitdagingen te confronteren. Clark krijgt het steeds moeilijker met het feit dat zijn moeder Martha het goed kan vinden met Lionel Luthor.

Martha's assistente Naomi komt om het leven na een explosie in haar huis. Maar wat niemand weet, is dat Naomi's adoptiedochter Maddy verantwoordelijk is voor de massa's glasscherven die haar het leven kostten. Maddy wordt opgevangen door Martha en Clark Kent. Clark heeft meteen door dat het zwijgzame meisje over een uitzonderlijke gave beschikt en probeert haar te begrijpen en te steunen. Dat lukt hem wonderwel. Maar er komt een kink in de kabel wanneer Tylor McKnight, Maddy's biologische vader, onverwacht opduikt.

Na de definitieve breuk met Clark voelt Lana zich eenzamer dan ooit. Ze verlangt enorm naar de steun van haar ouders, die jaren terug om het leven kwamen en wiens warmte ze nog steeds mist. Ze mist hen zelfs zo erg dat ze bereid is tot het uiterste te gaan om hen terug eens te kunnen omarmen. Die gelegenheid wordt haar geboden door Lance, een student geneeskunde die heel wat geld van haar eist voor een intraveneuze cocktail op basis van kryptoniet waardoor je even de wereld van de doden binnenstapt. Lana raakt in een mum van tijd zwaar verslaafd. Lex en Chloe proberen haar te helpen.

Lex is nog steeds op zoek naar het verdwenen ruimteschip en naar Milton Fine en hij slaagt erin Fine te lokaliseren in het Centraal-Amerikaanse Honduras. Lex reist hem meteen achterna en brengt Lana op de hoogte van de vooruitgang die hij boekt in zijn buitenaards onderzoek. Clark leert Simone kennen. Wat hij niet weet, is dat de blondine gestuurd is door Lex en een hypnotische blauwe steen rond haar hals draagt die hem voor haar doet zwichten.

Een cyborg slaagt erin te ontsnappen uit een experimenteel laboratorium. De man werd genetisch gemanipuleerd én gerobotiseerd en beschikt hierdoor over buitengewone krachten. Meteen na zijn vlucht rijdt Lana met haar wagen op hem in. Hij komt er echter zonder één schram vanaf. Clark besluit hem op te zoeken en herkent hem meteen : de doodgewaande Victor Stone die volgens de kranten stierf in een autocrash en die vroeger football met hem speelde... Martha Kent heeft besloten in Jonathans voetsporen te treden.

Na een blikseminslag raakt Chloe bezeten door de geest van de vermoorde Gretchen. Plots blijkt ze bovendien bloedende polsen te hebben, wat zou wijzen op een zelfmoordpoging. Terwijl haar nichtje Lois en vriendin Lana er rotsvast van overtuigd zijn dat Chloe - net als haar moeder – mentale problemen heeft en dat een hospitalisatie zich opdringt, blijft Clark geloven in het feit dat ze daadwerkelijk gestuurd wordt door een geest. Hij kan op het nippertje vermijden dat Lex Chloe afvoert naar Bellerive, op verzoek van een verontruste Lana. Maar of dat een goede beslissing is, is zeer de vraag.

Lionel Luthor zet Lex voor de zoveelste keer voor een voldongen feit door opnieuw de macht in handen te nemen bij Luthor Corp. Anderzijds confronteert Lex zijn vader met het feit dat hij verantwoordelijk is voor de dood van Jonathan Kent. Clark heeft de grootste moeite om het verlies van zijn vader te verwerken en ook Martha weet zich geen raad met het immense verlies.

Na jaren aarzelen en alle voor- en nadelen overwogen te hebben, besluit Clark het grote geheim rond zijn buitenaardse origine eindelijk aan zijn geliefde Lana te vertellen. Hij neemt haar mee naar zijn thuisplaneet Krypton en doet haar na zijn onthulling bovendien een bijzonder romantisch huwelijksaanzoek. Maar dat geluk is van korte duur, want het noodlot slaat hard toe. Ondertussen staat de Talon in rep en roer. Jonathan Kent en zijn sympathisanten staan aardig onder druk want de verkiezingsresultaten stromen binnen. Lex kent een moment van zwakte en richt zich wanhopig tot Lana.