Lois en Clark ontdekken nabij de vernielde stuwdam een klein ruimteschip. De nieuwsgierige Lois probeert dit meteen op de gevoelige plaat vast te leggen en ziet er een geknipte invalshoek in voor een krantenartikel. Voor ze het echter goed en wel beseft, wordt ze neergemept door de mysterieuze blondine die Lex eerder van een gewisse dood heeft gered. Clark beseft meteen dat de blonde Kara en hij héél wat met elkaar gemeen hebben. Lex' advocaat vertelt hem dat hij terug vrij is. Een ex-werknemer van Luthor Corp heeft immers de moord op Lana Lang bekent.

Clark gaat de confrontatie aan met Bizarro, zijn kwaadaardige, genetisch gemanipuleerde evenbeeld uit de Phantom Zone. Door hun vechtpartij ontstaan er barsten in de stuwdam waardoor die het binnen de kortste keren begeeft. Clark wil de plaatselijke bewoners redden van de vloed, maar Bizarro maakt die opdracht onmogelijk. Lex Luthor wordt gearresteerd voor de moord op Lana Lang. Amper enkele minuten later wordt het politievoertuig waarin hij zich bevindt door de waterstroom meegesleurd. Een mysterieuze blonde vrouw zorgt voor onverwachte hulp.

Clark heeft ontdekt dat Lionel Lana onder druk gezet heeft om met Lex te trouwen. Indien Lana dat niet zou doen, verzekerde Lionel haar namelijk dat hij Clark zou laten vermoorden. Clark is bijgevolg furieus en is van plan om Lionel voorgoed het zwijgen op te leggen. Lana besluit op haar beurt Lex te vertellen dat ze bij hem weggaat. John Jones keert terug om Clark te helpen want Lex is op amper één stap verwijderd om zijn leger van supersoldaten te laten oprukken. Lois wordt aangevallen wanneer ze op zoek is naar extra informatie over één van Lex' laboratoria. En Chloe?

In het diepste geheim probeert Lex om Wes Keenan, een militair die zogezegd om het leven kwam tijdens de oorlog in Afghanistan, in zijn laboratorium om te bouwen tot een supersoldaat via injecties met DNA van de meteoriet-mutanten die Lex gevangen houdt. Nadat de corrupte senator Burke ermee dreigt het bestaan van Lex' laboratoria publiek te maken, stuurt Lex supersoldaat Wes uit om de senator om te brengen. Lois is getuige van de aanval en weet op die manier Wes' aandacht te trekken. Ze wordt meteen zijn volgende doelwit. Ondertussen probeert Clark Lana te overtuigen Lex te verlaten.

Na een geheime ontmoeting met Lionel, wordt Lana op de redactie van de Daily Planet neergeschoten door een mysterieuze man. Jimmy wordt bewusteloos geslagen wanneer hij de foto's van de aanslag bekijkt. Hij komt hierdoor in een andere realiteit terecht, in het Smallville van de jaren '40. In die realiteit is Lana een femme fatale die de moord op haar invloedrijke man Lex georkestreerd heeft. Clark werkt als verslaggever voor de Daily Planet en Lois is aan de slag als sensuele zangeres in een bar van Lionel Luthor. Ondertussen ontdekt Clark, in het heden, waarom Lana trouwde met Lex.

Nadat Jodi, de vrouw van een elite-soldaat, een bom tot ontploffing brengt in één van Lex' geheime laboratoria, raakt Lionel levensgevaarlijk gewond. Bovendien houdt de furieuze Jodi Lex gegijzeld. Ze houdt vol dat Lex haar vermiste echtgenoot ontvoerd heeft en dreigt ermee het hele gebouw op te blazen tenzij Lex haar vertelt waar hij haar man gevangen houdt. Clark onderneemt een poging om Lex te redden, maar het aanwezige Kryptoniet weerhoudt hem daarvan. Zowel Lex als Clark beseffen dat ze alleen maar aan deze ramp kunnen ontsnappen door mekaar te helpen...

Chloes moeder Moira verblijft nu al jaren in een instelling. Lex ontdekt dat Moira eigenlijk in een soort trance verkeert en dat heeft alles te maken met een speciale gave waarover ze beschikt : ze is namelijk in staat om meteoriet-mutanten te controleren. Lex aarzelt dan ook geen moment om een middel te laten ontwikkelen om Moira uit haar trance-toestand te halen. Vervolgens bedreigt hij haar : ze wordt verplicht hem bij zijn experimenten helpen, zoniet sterft haar dochter Chloe...

Clark en Chloe ontdekken dat Titan, een vluchteling uit de Phantom Zone, schittert in een geheime vechtclub die bloederige gevechten tot de dood uitzendt via het internet. Lois krijgt hier eveneens lucht van en ruikt een sensationeel krantenartikel. Ze besluit de onderzoeksjournaliste uit te hangen. Maar voor ze het goed en wel beseft staat ze zelf in de boksring en moet ze het opnemen tegen Athena, Titans vrouwelijke evenknie...

Op de dag van zijn huwelijk met Lana, ontvangt Lex Luthor een telefoontje van een dokter dier ermee dreigt om Lana de ware toedracht van haar zwangerschap te onthullen. Ondertussen worstelt Lana met haar gevoelens : is ze wel klaar voor een huwelijk met Lex? Clark beseft dat hij zijn hart meer dan ooit moet volgen : hij wil niet dat Lana met Lex trouwt en besluit haar zijn buitenaards geheim te onthullen. Maar niemand is voorbereid op wat er te gebeuren staat wanneer Lionel Luthor zich met de zaken gaat bemoeien...

Clark en Chloe ontdekken dat Tobias, een jongeman die blind werd tijdens de metorietregen en nu over de gave beschikt om 'freaks' te identificeren, gebruikt wordt door Lex Luthor om mensen met speciale gaven te lokaliseren zodat hij experimenten op hen kan uitvoeren. Wanneer Lana ontdekt wat Tobias' gave is, vreest ze dat hij Clarks geheim zal ontrafelen. Ze doet hem dan ook een bijzonder voorstel maar hij repliceert met een schokkende onthulling...