Op de Alpha basis zijn de Tok’ra, de Jaffa en de mensen gezamenlijk bezig een wapen te maken tegen de supersoldaat van Anubis. De basis wordt echter aangevallen en Sam moet op de vlucht met het prototype wapen. Maar ze is zwaar gewond en heeft een supersoldaat op haar hielen. Bij SGC wordt het verbond tussen de drie partijen opgeheven door de Jaffa en de Tok’ra.

Sam gaat uit met de vriend van haar broer en het begint behoorlijk serieus te worden. Maar helaas mag ze niet vertellen wat voor werk ze doet. Daniel droomt iedere nacht van Sarah. Hij werkt met haar samen om een tekst op een tablet te vertalen. Als blijkt dat Osiris (Sarah met een Goa’uld) hierachter zit wordt er een actie opgezet. Pete achtervolgt Sam en komt tot een explosieve ontdekking.

Jonas komt naar SGC om te vertellen dat zijn planeet Kelowna op exploderen staat. Terwijl de drie delegaties van Kelowna in SGC kibbelen over zie de schuldige is en hoe te evacueren, gaan Sam, Jonas en Teal’c met een boor de diepte in. Deze is ontworpen door een goede vriendin van Jonas die echter niet is wat de lijkt te zijn.

Sam is met de Prometeus mee als een groot Alien schip hen begint te beschieten. Sam raakt hierdoor gewond aan haar hoofd. Als ze weer bij komt is de gehele crew weg. Sam gaat proberen om uit de nevel, waarin het schip zich schuil hield, weg te komen. Ondertussen krijgt ze door haar hoofdwond allerlei hallucinaties en worden haar gevoelens zeer op de proef gesteld.

Tealç, Selmak en Sam infiltreren het schip van Anubis. Deze blijkt duizenden supersoldaten aan boor te hebben. Het laboratorium op het schip wordt verwoest door hen, maar het leger helaas niet. Jack gaat naar Nicaragua om Daniel te redden. Maar één van zijn gijzelnemers is onder invloed van het Maya apparaat geraakt en is niet makkelijk te doden.

Teal’c en Bra’tac komen tegenover een supersoldaat te staan. Een man in een harnas welke door geen enkel wapen gedood kan worden. Na onderzoek denkt Daniel dat de maker van deze soldaten Anubis is. En dat Anubis een bepaald apparaat gebruikt heeft welke ook door de vroegere Maya’s gebruikt werd. Dus gaat Daniel gaat met een andere archeoloog naar Honduras om een specifieke tempel te zoeken, waar ook z’n apparaat kan zijn. Sam en Jack weten inmiddels een levende supersoldaat te vangen.

SG-1 maakt kennis met een afvallige vrouwelijke Jaffa stam. Zij redden meisjesbaby’s uit de handen van een Goa’ould leider. Als de meisjes volwassen worden hebben ze een symioot nodig, dus stellen zij die weer van Goa’ould’s. Het afhankelijk zijn van een symbioot levert dus de nodige problemen op. Daarom wil SG-1 hen een alternatief bieden. Dit is het medicijn dat Teal’c ook gebruikt. Maar er zijn voor en tegenstanders, als er wordt een aantal vrouwen gevraagd de medicijnen te testen.

Sam en Dr. Felger maken een computervirus om een bepaalde Stargate buitenwerking te stellen. Er gaat echter iets verkeerd, waardoor alle Stargates onbereikbaar worden. Jack en Teal’s komen daardoor in gevecht met Jaffa’s en Daniel staat op een planeet welke door hoge vloedgolven omgeven wordt. Sam en Dr. Felger moeten een antivirus creëren om zo de problemen op te lossen, maar het uploaden geeft onverwachte problemen.

Sam wordt door een bevriende Alien gevraagd mee te werken aan een space race. Daarvoor moet ze wel een naqahdah generator mee nemen. SGC krijgt in ruil hiervoor belangrijke buitenaards technologie. Maar de race wordt gesaboteerd en Sam en haar partner moeten alle technische snufjes uit de kast halen om te winnen.

Op een planeet wordt naar naqahdah gezocht. Men treft er veel aan, maar ook treft men we de plaatselijke bevolking aan. Dit is een groep Unas. Zij leven op deze planeet en deze lijken het niet toe te staan dat mensen van SGC gaan mijnen. Daniel heeft een plan en gaat samen met Chaka een bevriende Unas onderhandelen met de locale Unas. Echter deze onderhandelingen verlopen niet geheel soepel.