Authorized Personnel Only (Part 1)

Sydney is voor de CIA in Shanghai waar een missie fout afloopt. Terug in Amerika wordt ze door de directeur van de afdeling beschuldigd van het overtreden van de protocollen. Sydney is hierdoor zo boos dat ze ontslag neemt. Echter, dit blijkt een voor opgezet spel te zijn. Want ze heeft in het geheim toegestemd om voor een onofficiële afdeling (Black Ops) te gaan werken. Als ze op de nieuwe unit APO (Authorized Personnel Only) aankomt, treft ze daar tot haar verbazing ook Vaughn en Dixon aan en ook Jack (haar vader), maar erger nog: Sloane. Sloane blijkt zelfs de leiding van de nieuwe unit te hebben. Sydney is niet erg blij na al het verraad uit het verleden, maar stemt na enige overreding door de CAI-directeur toch toe. Zo kan ze in ieder geval Slone in de gaten houden. De eerste opdracht is het kopen van een gevaarlijke radioactieve isotoop van een gevluchte Russische wetenschapper, Yuri Kamarov. Dit om te voorkomen dat de isotoop in de handen van de gevaarlijke terrorist Vadik komt. Alhoewel de missie bijna fataal afloopt, brengt deze haar wel weer samen met Vaughn. Dan krijgt Sydney de andere ietwat nare opdracht. Ze moet naar Brazilië om informatie van haar zus Nadia te krijgen. Nadia vraagt Sydney in ruil of ze weet wie hun moeder heeft vermoord. Sydney verteld haar dat ze dit niet weet, maar onthult later wel iets van het geheim uit Wittenburg m.b.t. Jack aan Vaughn.